bueno creo que debes hacer una suma segun las casillas que estan alrededor un ejemplo fuera de tu codigo para que lo adaptes
Código PHP:
#esto dentro de tu for
$valor=0;
if($arreglo[$x][$y+1]==-1){#si la celda de al lado tiene mina
$valor++;#incrementas valor
}
if($arreglo[$x+1][$y]==-1){#si la celda del lado izquierdo de abajo
$valor++;#incrementas valor
}
if($arreglo[$x-1][$y]==-1){#si la celda de izquierda de arriba tiene mina
$valor++;#incrementas valor
}
ahi tienes como hacer la comparacion segun lo q vi ojo agarre la primera variable arreglo q vi en tu codigo es para darte una vision de como irlo haciendo xq luego de llenarlo tienes que comparar cada una de las celdas a ver cual tiene para colocarle el numero de minas alrededor me falto abajo y a la izquierda y otros pero con el ejemplo creo q te puedes guiar suerte