humanware:
No soy un experto en SEO, (en foros del web hay un sub-foro para eso, quizás mejor postear ahi
http://www.forosdelweb.com/f64/)
De todas maneras te digo
1. según mi criterio google va a priorizar a un dominio de primer nivel que a un subdominio
2. para la redireccion. En el .htaccess
Redirect 301 /
http://algo.dominio.com (te redirije el dominio al subdominio)
ó bien
RedirectMatch 301 ^/(.*)$ http://algo.dominio.com/$1
(que va a redirigir
http://dominio.com/cualquierpagina.html a
http://algo.dominio.com/cualquierpagina.html )
bueno, hay muchas variantes para esto, pero habría que ver como es la configuración de tus subdominios y la estructura de tus carpetas (siempre es conveniente que la carpeta raíz de los subdominios no esten bajo el nivel de la carpeta de tu dominio principal, pero parece que ese no es tu caso)
Pero no entiendo el objeto de esto, estarías desactivando el contenido de dominio.com, por que no mantener los dos sin hacer ninguna redirección?
Saludos