Problema al insertar javascript dentro de PHP

[Franki_]

No es un problema de PHP, es un problema de JavaScript.

Lo que tienes que hacer es retrasar la ejecución del script hasta que el DOM del documento esté cargado.

Esto se consigue insertando todo el código JavaScript en el evento load de la página.

Código Javascript:

window.onload = function() {
  //Aquí el código
}