si fueras hacerlo en javascript, con expresiones regulares es mucho mas corto el cual resulta en menos consumo de recursos. quizas, lo mismo podria decirse de otros lenguajes. en javascript podria ser asi. solamente tienes que pasar el string completo o el numero. fijate que no le pone coma delante si son solo dos digitos.
Código:
function coma(string){
return string.replace(/(\b\d+?)(\d{2})\b/g, "$1,$2");
}