Yo uso el "interprete" (parser) de PhpBB 3, tiene buen control para codigo y para citas (quote) simples y anidadas, solo necesitas hacer algunas adaptaciones sencillas para utilizarlo con tu codigo.
Si quieres un buen editor BBCode en Javascript, revisa el de
Caricatos.
HiToGoRoShi, lo mejor es guardar los textos con el BBCode incluido e interpretarlo con PHP al mostrarlo... asi tambien los motores de busqueda podran ver el texto reemplazar.