Hace poco tuve que hacer un proyecto donde cada subdominio representaba un módulo de Zend, realmente fue una tarea muy sencilla de hacer y aquí les dejo como pueden hacerlo en modo local para que luego lo puedan migrar a su servidor.
 
Lo primero es configurar en su archivo hosts los subdominios que quieran redirigir a su local: 
Código:
 127.0.0.1 default.domain.com
127.0.0.1 admin.domain.com
127.0.0.1 user.domain.com
  Después en su Apache configuran 3 virtualhosts para esos subdominios y que apunten a la misma carpeta public de su aplicación en Zend. 
Después es donde viene lo más sencillo de todo, hay que cambiar el router por defecto a uno que soporte los subdominios, y eso se hace en el bootstrap de una forma sencilla:   
Código PHP:
Ver originalprotected function _initRoutes()
{
        $this->bootstrap('frontController');
        $front = $this->getResource('frontController');
        $router = $front->getRouter();
        // Importante quitar la ruta default para usar la nuestra
        $router->removeDefaultRoutes();
        
        // con esto hacemos el "match" al subdominio
        $hostNameRoute = new Zend_Controller_Router_Route_Hostname(
                  ':module.domain.com',
                          'module' => 'default'
                  )
         );
         // con esta hacemos match de las urls normales
         $normalRoute = new Zend_Controller_Router_Route(
                  ':controller/:action/*',
                           'controller' => 'index',
                           'action' => 'index'
                  )
         );
         // la registramos como default en el router
         $router->addRoute('default', $hostNameRoute->chain($normalRoute));
}
  
Con esto todos nuestros links y demás funcionan normal y se sobreescriben correctamente al subdominio adecuado. 
Espero les ayude por sí alguna vez necesitan hacer subdominios y usar Zend Framework. 
Saludos.