Cita: Suponiendo que una persona tiene acceso no al administrador pero si fisicamente a las bases de datos (al directorio data), eso bastaria con que levante mysql en otro equipo y pueda leer los datos contenidos en ellas verdad?
Los datos de las bases no son arhivos de texto plano, y trasladar las bases no es tan sencillo, pero básicamente podría "robar" el contenido de las bases. Dependerá de su capacidad técnica el obtener el acceso a los datos.
Cita: De ser asi existe algún tipo de solucion que se pueda implementar?
Supongo que proteger el directorio con cotraseña impedirá que sean accesibles a través de cualquier otra aplicación, no?
No necesitas inventar la rueda de nuevo. Existen infinidades de recursos para evitar este tipo de robos, empezando por el primero:
No darle permisos a cualquiera para acceder a datos críticos del sistema, como son los datos y las aplicaciones (¿notaste que los servicios de hosting no te permiten ver mas que tu propia base?).
Existen diversos niveles de protección de los sistemas desde hace décadas. Una parte están basados en el sistema operativo (¿nunca te preguntaste por qué los servidores de datos no se suelen poner en máquinas con Windows?), otros a nivel de aplicaciones que "cierran" el acceso a los datos, incluso para el root, y otros que hacen la información inútil si la robas (sistemas de encriptación).
En definitiva, hay toda una especialidad en Ingeniería de Sistemas que se dedica precisamente a eso: Evitar que A obtenga M del sistema de C.
Si, imagina que cualquier ladronzuelo podría acceder a la base de datos del FMI, del FBI, la OTAN, o simplemente el Banco Itaú...