Yo tenía un problema similar, lo que hice fué instalar una máquina virtual, en la que metí el sistema operativo y algunas aplicaciones. A continuación la cloné (una de las opciones del programa), y utilizo esa copia para la "navegación peligrosa". Cuando me parece que ya no va bien, simplemente elimino la copia y genero un nuevo clon de la máquina "limpia". Es mucho más cómodo y rápido que andar reinstalando sistema operativo y aplicaciones.
Si decides probar, puedes encontrar algunas en
http://www.thefreecountry.com/ http://www.freebyte.com/
Por si te sirve de referencia, la máquina virtual la corro desde Windows Vista, y en ella utilizo Linux Ubuntu 9.04 para navegar por Internet.
Saludos,