Bueno gente, parece ser que al final di con la solución usando INNER JOIN y modificando los campos por los que filtrar, por si a alguien le sirve de ayuda el código definitivo es:
Código:
SELECT DISTINCT *
FROM stock
INNER JOIN new_log ON stock.id = new_log.id_stock
WHERE stock.id_sucursal =$sucursal
AND stock.id_sucursal = new_log.id_sucursal_destino
AND new_log.fecha_alta
BETWEEN '$fecha_ini'
AND '$fecha_fin'
AND new_log.operacion = 'MOVIMIENTO STOCK'
Muchas gracias a todos los que me han ayudado :)