Es fácil de entender:
Invocas tres campos:
1) `usuario`
2) `nombre`
3) `contraseña)`
Envías cuatro datos:
1) ''
2) '$nombre'
3) '$usuario'
4) 1
¿Se entiende ahora?
Además, si te fijas con cuidado estás poniendo un paréntesis de más detrás del cierre de los campos:
En ese contexto, el primer paréntesis es parte del nombre del campo...