Eso de la espera es fácil, con una variable de controlo lo hacemos:
Código PHP:
<?
$lines = file('nombres.txt');
$n=0;
foreach ($lines as $line_num => $line) {
$datos = explode(",", $line);
echo ("mail -s $datos[0] direccion@dominio $datos[1]<br> ");
$n++;if ($n==20) {sleep(2);$n=0;}
} //fin foreach
?>