Que Nucleo? .. Arraukano ...
Las extensiones GD no vienen en el nuclero de PHP .. siguen siendo extensiones ....
Haz la prueba .. deshabilita extension=php_gd.dll o php_gd2.dll la que uses y prueba algun código q use dichas funciones ...
Lo que tu has leido que a partir de la version de PHP 4.3.0 "Bundled*" GD library 2.0.1 with php (ext/gd/libgd) (Rasmus, Jani, Markus, Edin)
No conozco PHP a nivel "compilación" .. pero pese que tenga algo de la las librerias GD en el "nucleo" de PHP .. si no instalas la extension GD (sea en Linux o windows) .. las librerías GD no las tienes disponibles ..
http://www.php.net/ChangeLog-4.php
Un saludo,
*bundled = "liado, junto..."