Estimados, ya encontré solución a mi problema.
Cuando me refería a código heredado, me refiero a que no lo desarrollé yo, sino que me lo entregaron para modificarlo y agregarle otra funcionalidad.
El problema se presentaba principalmente porque al hacer modificaciones por la vista del diseñador, no se veían reflejadas luego en el código HTML, estaban como desconectados.
Me puse a revisar el código y este fuente utiliza AJAX, cosa que alguien al parecer quiso modificar y luego lo estropeó.
En donde se utilizaba un UpdatePanel de AJAX, se supone que los tag deben ir así:
<atlas:UpdatePanel ID="UpdatePanel1" runat="server" >
<ContentTemplate>
control1
control2
control N
</ContentTemplate>
</atlas:UpdatePanel>
Pues alguien tenia modificado el fuente y esto estaba así:
<atlas:UpdatePanel ID="UpdatePanel1" runat="server" >
</atlas:UpdatePanel>
<ContentTemplate>
control1
control2
control N
</ContentTemplate>
Lo modifiqué para que estuviera correcto y ahora si el diseñador realiza todos los cambios.
Muchas gracias.