A mi me parese más bien problemas de RED...
¿Tu estas conectando directamente al motor de base de datos, es decir, al puerto 3306?
¿Probastes los tiempos de respuesta desde la maquina cliente al servidor (#ping)?
- Nose, pero yo revisaria el firewall.
Para que tengas una idea..
Actualmente tengo un Sistema Desarrollado en JAVA usando RMI, esto ya significa un alto consumo de ancho de banda, además que no hago conexion directa con MySql. He hecho consultas desde 1 registro hasta 1000 registros y no se tarda ni 1 segundo conectandome fisicamente en puntos distantes a través de Intenet.
Por ello pienso que tu problema no es de Java sino de RED.
Saludos.