Sin duda un fallo posible está en
Código PHP:
$altura = $altura + 5;
en cada registro pasas a la línea = linea + 5, esto hace que en cada registro la linea aumente considerablemente.
Por otro lado, para evitarte tener que estar calculando el alto de línea, salto de página y demás, utiliza el ejemplo de fpdf.org dónde se extiende la classe fpdf para poner cabecera y pié automaticamente. Así te ahorras mucho código.
Mira los ejemplos ya que se adaptan bastante a lo que necesitas, enseguida verás cómo usarlos en tu web, un saludo