si le sumas 1 a 0001 te daria 2, al sumar los numero los datos string los tranforma a numeros.
lo que puedes hacer es concatenar el resultado con los 000, algo como esto
Código PHP:
$numero = "0001";
echo $numero;
$numero = $numero + 1;
if($numero < 10){
$numero = "000" . $numero;
}
elseif($numero >= 10 AND <100){
$numero = "00" . $numero;
}
//....
echo $numero;