Muchas gracias Juanmi y Muchas gracias Hibernate Tools jejeje. Acabo de conseguir hacerlo correr y este caso lo que me hace es lo siguiente, por si alguien mas esta en la situacion.
Clase Empresa --> BD: id_empresa(pk), campo 1 , campo 2.....
VO: pk como String resto como objetos, lista....
XML: campo pk como id, resto como properties y list
Clase IP Empresa (la que tenia el problema)--> BD: id_empresa(pk; fk con empresa), campo 1 , campo 2.....
Xml: <id name="idEmpresa" type="string">
<column name="IDEMPRESA" length="15" />
<generator class="foreign">
<param name="property">tmEmpresas</param>
</generator>
</id>
y resto de campos como properties
VO: private String codEmpresa;
private TmEmpresas tmEmpresas;
Resto de campos con el tipo de dato definido en el properties
Grande Hibernate Tools, a espensas de que me encuentre desagradables sorpresas que tenga que corregir a mano jejejeje