Ayuda con esta consulta

[gnzsoloyo]

En realidad no ve tu complicación.
Por lo pronto, necesitas combinar las dos tablas con los datos que se correspondan:

Código MySQL:

SELECT * 
FROM marca INNER JOIN turno USING (idturno);
 

Eso relacionará las marcadas con el horario del turno a que corresponden.
Para poder establecer si llegó no tarde, primero deberías establecer cuántos son los minutos de tolerancia: ¿Ninguno?, ¿5? ¿10?
supongamos que ninguno:

Código MySQL:

SELECT empleado, fecha_marca
FROM marca INNER JOIN turno USING (idturno)
WHERE hora_inicio <= TIME(fecha_marca);
 

Supongamos que tienen cinco minutos de tolerancia:

Código MySQL:

SELECT empleado, fecha_marca
FROM marca INNER JOIN turno USING (idturno)
WHERE hora_inicio <= MAKETIME(HOUR(fecha_marca),5,0));
 

Estoy usando la función MAKETIME(hour,minute,second) para darte la posibilidad que le insertes un valor numérico directamente desde una variable y se genere la hora de comparación dinamicamente
Creo que por allí andaría la cosa.