Hola soldier, por empezar tienes un problema con los nombres, intenta algo así:
Código PHP:
<input type="checkbox" name="ministerio_0" value="maestro" />
<input type="checkbox" name="ministerio_1" value="alabanza" />
<input type="checkbox" name="ministerio_2" value="compras" />
<input type="checkbox" name="ministerio_3" value="ventas" />
<input type="checkbox" name="ministerio_4" value="bodega" />
Ahora puedes recorrerlos así (una idea):
Código PHP:
<?php
$check = array();
foreach($_POST as $key => $value){
if(strstr($key, "ministerio"))
$check[] = $value;
}
//Ahora que has aislado los checks trabaja con ellos
print_r($check);
?>
a ver si marcha, un saludo