Como te decía, estás haciendo una multiplicación, prueba esto:
Código PHP:
SELECT
COUNT(cod_itv)
FROM caracteristicas AS ci
LEFT JOIN productos p ON (ci.cod_itv = p.cod_itv)
WHERE ci.marca = '".$marca."'
Sin embargo, te en cuenta que el problema de los tiempos siempre esr elativo a la máquina.
Prueba esto a ver qué tal, salud2