Recordar checkbox

[elena_22]

Hola

necesito un poco de ayuda en esto, quiero recordar los checkbox que habían sido seleccionados primeramente, les explico a detalle:

Tengo un formulario, en el que enlisto en checkboxes una serie de preferencias, los cuales se muestran vacios la primera vez que el usuario entra, al seleccionar las preferencias deseadas se guardan en la base de datos, ahora, lo que necesito es que cuando el usuario abra de nuevo el formulario se muestre las preferencias que el había seleccionado en los checkboxes pero que ademas se muestren el resto de las preferencias por si desea agrear otra, y no he logrado que al abrir de nuevo el formulario recuerde las antes seleccionadas, les muestro como lo he estado desarrollando:

Hago el query que despliega las preferencias que selecciono el usuario 2

$modpre = "select p.id_preferencia, p.preferencia u.id_usuario, u.usuario from usuarios inner join preferencias on p.id_preferencia=u.id_preferencia where id_usuario=2";

Y para mostrar los checkboxes:

<?
$prefe = "select id_preferencia, preferencia from preferencias";
foreach($prefe as $elemento){
$cheke=' ';
if($elemento['id_preferencia'] == $modpre[0]['id_preferencia']){ $cheke=' checked="checked" ';}
?>
<input type="checkbox" name="preferences[]" id="chgen" value="<?=$elemento['id_preferencia']?>" <?=$cheke?>/><?=$elemento['preferencia']?><?
}?>

Pero con este código marca solamente el primero de todos los que selecciono, y no todas las preferencias del ususario

Alguien sabe como puedo hacer que marque todas las que el usuario había seleccionado?