Efectivamente es en "Directorios protegidos con contraseñas" una vez entrado en dicha funcion en el cPanel debes buscar la carpeta que desees proteger y una vez ubicada le das click en su nombre para pasar a la pantalla donde deberas colocar un nombre de usuario y contraseña que desees usar para proteger dicha carpeta.
Esta es una funcion tan basica que la web de Cpanel tiene un video explicativo.
http://www.cpanel.net/media/tutorials/passwdprotect.htm
Saludos.