@abimaelrc recuerda que estoy trabajando con
CodeIgniter, lo que pasa aquí es que
cpanel es un controlador que está en: /www/Gestion-Documental/system/applications/controllers/cpanel/
cpanel.php y en la url lo que hago es llamar al controlador Gestion-Documental/cpanel/
cpanel ... Mira
aquí para que entiendas como funciona el asunto...
¿Y que tal si pongo el .htaccess en la raíz del directorio cpanel/? ¿Qué debería hacer en ese caso?