Yo creo, que es muy claro lo que
dicen los mismos creadores de MCrypt:
Cita: Doesn't this mean that the module has to be Open Source? No. Binary-only modules are entirely acceptable. The only restrictions are that they have to conform to the mcryptlib API, and have to be shipped by someone other than us. We would be happy to provide links to such modules.
Es decir, tu puedes distribuir tu software con los binarios de Mcrypt siempre y cuando estos no esten modificados y una copia de la licencia GPL. El que tu uses un software GPL en tu software no indica que tienes que distribuir todo tu sistema bajo GPL, la GPL solo abarca trabajos
derivados de un software GPL.
El que tu uses Mcrypt vía PHP no hace tu software GPL, tu le puedes poner la licencia que quieras.
Saludos.