lo que si me queda claro, es que solo debería aplicar a las fuentes de dicho software... y piensalo así:
 
tu no vas a usar el ćodigo fuente de MCrypt, como ya te comentaron antes, si empleas solo los binarios no cambia para nada tu software... e incluso el enlace que pones lo dice de forma tan explicita que parece errado dudar...  
 Cita:  El objetivo de la GPL consiste en garantizar a todo el mundo la libertad de copiar, redistribuir, examinar y modificar el programa
    y bueno, si usas un binario.. ¿donde esta lo que se puede examinar y modificar? ¡no existe!! ...para eso uno debe incluir las fuentes, cosa que no tienes que hacer... 
lo siguiente: 
 Cita:  De todos modos, en muchos casos usted puede distribuir el software cubierto por la GPL junto a su sistema privativo. Para hacerlo de forma válida, debe asegurarse de que los programas libres y no-libres se comunican a distancia, de que no están combinados de ninguna manera que los convierta de hecho en un solo programa.
    ¿ves? 
en ningún momento vas a fusionar las fuentes de la librería MCrypt con tu software, solo lo utilizarías como librería... y abre los ojos por favor, si viene incluida ya como binario para PHP... ¿donde esta el problema? ¡eso no convierte a PHP GPL!! 
si no me equivoco lo que protege GPL es únicamente el código fuente, no los binarios...