resulta que el error estaba en que tenía que concatenar los ' ', y queda de la siguiente manera:
function miBannera(ciudad)
{
var cuala = Math.floor(Math.random() * maximoa);
var codigoa = '<A HREF="'+urlBannera[cuala]+'" TARGET="'+targetBannera[cuala]+'"><IMG SRC="actualizacion/banners/'+ciudad +'/'+imgBannera[cuala]+'" ALT="'+altBannera[cuala]+'" BORDER=0 WIDTH=165 HEIGHT=89></A>';
bannera.innerHTML = codigoa;
setTimeout
("miBannera('"+ciudad+"')" , 5000);
}
saludos!!
