En esta pagina dicen como guardar, simplemente tienes que armar los arreglos tal cual indican,
Debes tener cuidado con el atributo UNIQUE de la declaración de la relación en los modelos, ya que al guardar borras las relaciones anteriores. utiliza el metodo save y no saveAll, al ver los datos cake sabra lo que estas queriendo decir.
Simplemente debes enviar los datos tal cual indican en la pagina y es pan comido.
http://nuts-and-bolts-of-cakephp.com...2-saving-data/