Cita: el manual dice que a la hora de grabar relaciones HABTM se borran las tuplas previas.
Ya entiendo. Lo que pasa a la hora de existir tuplas "repetidas" es que se eliminan y se crean nuevas. Es decir, no se actualizan.
Gracias por el link!
Una duda mas: es necesario usar create() en el controlador antes de save()? $this->User->create();