Si el archivo a ejecutar está en el mismo servidor que corra PHP .. :
Program Execution functions
http://www.php.net/manual/en/ref.exec.php
Tienes funciones como exec(), system(), passthru() .. para "salir" con PHP a la consola .. Solo tendras q tener cuidad con los permisos de ejecución de tus aplicaciones. PHP "sale" al sistema con el usuario "nobody" o "Apache" segun su instalación ... y estos tienen sus permisos de ejecución en el sistema ..
Un saludo,