Hola,
Tengo una duda, estás desarrollando la aplicación a manita? o estás usando Eclipse con Maven?
Si tienes una aplicación con Maven no deberías tener problemas al importarla a eclipse usa Import Maven project.
Tienes que instalar el plugin m2
http://m2eclipse.sonatype.org/
Otra cosa que puedes hacer es mvn -Dwtpversion=1.5 eclipse:eclipse este plugin te va a convertir tu proyecto en uno como si fuera creado con eclipse.
Saludos!