Exacto...
Asi que si quieres hacer 2 conexiones, tienes que terminar la primera antes de iniciar una nueva.. Ejemplo;
Código PHP:
//La primera conexion
$conexion = mysql_connect('localhost','root','');
mysql_select_db('test',$conexion);
//Aca haces lo que necesites de la 1era y
//cierras la conexion
mysql_close($conexion);
//Haces la 2da conexion
$conexion2 = mysql_connect('locahost','root','');
mysql_select_db('test',$conexion2);
//Haces lo que necesites de la 2da conexion y
//la cierras
mysql_close($conexion2);
Saludos!