Ahhhhhhhh creo que ya entendi, los ejemplos que pusiste son un formulario en donde cambias el costo uno por uno y despues le dices que actualice o me equivoco.
aqui si esta mas cañon porque debes guardar tal vez en una variable oculta en el mismo orden el item de cada registro, estas de acuerdo que vas recorriendo cada producto proveniente del formulario?, el asunto es como vas a saber a que item le corresponde dicho costo
Código PHP:
$cantidad= $_POST['cantidad'][$i];
$item= $_POST['items'][$i];
$quey = "UPDATE pedidos2 SET
cantidad = $cantidad
WHERE ITEM = $item);
Saludos