Cita: $orden = ("select * from usuarios where user_id = $id ");
mysql_query("UPDATE usuarios SET conectado='1'") ;
Esto sigue siendo lo mismo que antes.
¿Estás entendiendo la idea de que a menos que indiques cuál es el ID del usuario que quieres cambiar, te los va a cambiar a todos?
Es decir, en el WHERE
del UPDATE tienes que indicar cual es el ID...
Porque eso es precisamente lo que no estás haciendo.
¿Se entiende bien?