hola
JAK^ tanto tiempo!!!!!
eso te pasa porque seguramente tenes anlaces apuntando a index.php en lugar de a "/" por ende google entende que www.tusitio.com/ y www.tusitio.com/index.php son dos cosas diferentes!
Eso lo modificas desde el .htacces:
Cita: RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.
RewriteRule ^(.*)$ http://www.%{HTTP_HOST}/$1 [R=301,L]
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.php\ HTTP/
RewriteRule ^index\.php$ http://www.tusitio.com/ [R=301,L]
el primero es para que tu sitio de vea simpre con www y el segundo es para que no aparezca /index.php
un abrazo!