Así me funcionó:
Código PHP:
<script type="text/javascript">
var f1='hola';
var f2='bye';
var id1=10;
var id2=10;
var id3=10;
if ( confirm("Se grabará el servicio "+" '"+ f2 +"' del curso '"+ f1 + "' \n\n ¿Desea continuar?\n\n") ) {
setTimeout("window.open('url/grabarCurso.asp?iddep="+id1+"&idusuario="+id3+"&idservicio="+id2+"','ventana1', 'width=500,height=400,scrollbars=NO,right=200,top=400') ", 0);
} else {
setTimeout("location.href='cursos.asp?idusuario="+id3+"'", 0);
}
</script>
Habia alguna comilla y parentesis raramente por ahi metido