Justamente, el parpadeo corresponde a la recarga de la pagina al efectuar una petición al servidor. Para evitar esto, puedes usar, por ejemplo, AJAX. De esta forma podrás hacer peticiones al servidor de forma asincronica evitando la recargar de la pagina.
Te dejo un link de ejemplo de consultas al servidor con PHP, MySQL y AJAX
http://www.ribosomatic.com/articulos...-de-registros/