Yo lo haría con JQuery.
    
Código Javascript
:
Ver original<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.4.3/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
 
 $(document).ready(function(){ //Cuando la web esté cargada ...
   $("a").click(function(event){  // ... asociamos una función a todos los enlaces ...
      if ( this.href.indexOf('http://www.miweb.es') == -1 ){ // ... que compruebe si el enlace es externo ...
        return confirm('Atención, vas a abandonar Mi Web. ¿Deseas continuar?'); // ... y si lo es, muestra un mensaje de aviso
      }
   });
 });
 
</script>
  
Con este código en el Head, se asocia la función que comprueba si el enlace es externo a todos los enlaces que haya en el código.