Esta select no tiene cláusula where, por eso te devuelve todos los resultados:
Código PHP:
//Ejecutamos la sentencia SQL
$result=mysql_query("select * from salida INNER JOIN entrada ON salida.id_salida = entrada.id_entrada");
Debería ser algo así:
Código PHP:
SELECT *
FROM salida SAL
INNER JOIN entrada ENT
ON SAL.id_salida = ENT.id_entrada
WHERE ent.id_empleado = 'x'
saludos