Hola Mickeyrr!!
 
Yo lo que hago es un archivo js y luego lo llamo.
 
El archivo sería límpio, sin ninguna etiquete de <script> ni nada y con este contenido (quitando el ----prueba.js----):
 
--------------------prueba.js------------------------- 
 Código PHP:
    codigo='<div style="position:absolute;top:20;left:30;width:100px;height:100px;font:normal 10px/15px verdana;" id="pepe">';
codigo+='Página hecha por KarlanKas';
codigo+='</div>'; 
    
  ------------------------------------------------------------- 
Y luego en la página ponemos 
Código:
 <html>
<head>
</head>
<body>
<script src="prueba.js"></script>
resto de la página
</body>
</html>
  
No sé si me he explicado bien...
 
cualquier duda me preguntas!