Problemas con la libreria GD

[livein07]

Hola de nuevo foreros.

Haber si alguien me puede ayudar con la librería esta. Estoy tratando hacer una aplicación para diseñar portadas de cd online y mi problema es el siguiente.

Tengo una imagen PNG con fordo transparente de 400x300px en la que tengo dibujado un patrón, bueno ahora son solo unos círculos, en blanco.

Lo que desea hacer es que el usuario pueda elegir el color del patrón, es decir de los circulitos.

Lo he intentado de todas las maneras y googleado bastante pero no encuentro nada. En el manual de PHP esta la funcion imagecolorset pero esta no me guarda la transparencia del fondo.

Alguien ha hecho algo parecido. Muchas Gracias.