icaro23, tengo la respuesta a tu pregunta.
Para poder hacer lo que tú quieres, debes hacer un webservice a traves de la tecnología que prefieras: REST, SOAP, XML-RPC. Con esto, vas a poder lograr que tu sistema de facturación haga una llamada al webservice que has creado, pasándole los datos que necesites (ej: campos requeridos) y automáticamente este te pasará los datos que requieras para tu aplicación.
Este tipo de webservice también es conocido como una API para una aplicación web, lo haces en PHP (por ejemplo) y te permitirá desde cualquier sitio web y con cualquier tipo de plataforma usada (PHP, ASP, JSP, Python, Perl) poder hacer este tipo de "uniones" o más bien comunicaciones entre distintas plataformas integrándose el sistema que has de realizarlo utilizando la tecnología que más te convenga.
A continuación, te paso un listado de links en inglés y español acerca de cómo crear webservices usando REST, SOAP y XML-RPC y las diferencias, ventajas y desventajas entre unas y otras alternativas:
Inglés
[URL="http://es.w3support.net/index.php?db=so&id=209905"]REST y SOAP[/URL]
[URL="http://roshanbh.com.np/2008/07/web-services-php-soap-vs-xml-rpc-vs-rest.html"]Web Services and PHP - SOAP vs XML-RPC vs REST[/URL]
Español
[URL="http://www.dosideas.com/noticias/java/314-introduccion-a-los-servicios-web-restful.html"]Introducción a los servicios web RESTful[/URL]
[URL="http://groups.google.com/group/PHP---Programacion/browse_thread/thread/5533a40a221d2988"]Crear Webservices PHP basados en la arquitectura REST[/URL]
Espero que esto pueda ayudarte a encaminarte para que puedas realizar el sistema que te propones a hacerlo. Investigando un poco en Google encontrarás contenidos y tutoriales que van a ayudarte a comprender mejor sobre estas alternativas y además cómo implementarlas.
Otra opción sería utilizar la función CURL del PHP; lo puedes buscar en internet y en los manuales oficiales del lenguaje PHP.
Estas son mis recomendaciones al respecto, ojalá y te sirva para lo que buscas.
Saludos,
Un abrazo!