Hola Cheo, si tu consulta funciona de manera local y no en el servidor no creo que tenga nada que ver con el hecho de utilizar o no INNER JOIN, más bien tendrías que revisar que la información contenida en tu servidor y en tu BD local sea la misma, para verificar que los resultados son iguales.
De cualquier manera, si quieres probar la consulta con INNER JOIN quedaría más o menos así:
Código MySQL:
Ver originalM.clave_ticket,
M.nro1,M.nro2,
M.signo,M.color,
ON M.clave_ticket
= EST.clave_ticket
En tu consulta falta un paréntesis al final del NOT IN, pero imagino que fue un error al escribir el post.
También puedes reemplazar la sentencia NOT IN por una sentencia EXISTS para mejorar el rendimiento.
Saludos.
Leo.