char2010:
Del código parcial que expones, no es mucho lo que se puede apreciar como para evaluar el problema.
En primer lugar supongo que se inicia con al menos
<table>
<tr>
En segundo lugar, evita espacios en blanco en las rutas a tus archivos
Tercero
La forma en que estás insertando el flash, no es la más adecuada
Te dejo dos links
En el siguiente, como insertar Flash compatible con todos los navegadores modernos, mirá el código fuente como ejemplo, y advertí que el tag <embed> desaparece
http://foros.emprear.com/flash/flash-xhtml.html
El que sigue, es una reconstrucción de tu código con dos flash insertados,
tanto en IE como FF se ve una tabla con 2 filas x 1 columna, con los respectivos flash centrados en cada una de las celdas, no hay superposición alguna
http://foros.emprear.com/flash/table.html
solo le agregué un borde a la tabla para visualizar mejor el ejemplo
Saludos