No se hacen respaldo del bases de datos simplemente copiando carpetas; al menos no en MySQL. Las bases de datos no son simples archivos como Excel o Access, sino sistemas complejos cuya estructura está repartida en diferentes forma, archivos y carpetas.
Debes siempre empezar con el manual de referencia, que de haberlo leído te habría dado la solución más eficiente para crear un backup: Los backups de MySQL se hacen usando mysqdump.exe o mysqlhotcopy.exe, que son aplicaciones para consola. También es posible hacerlo utilizando recursos de algunas interfases como phpMyadmin, Navicat, MySQL Workbench, y otros.
8.7. El programa de copia de seguridad de base de datos mysqldump 8.8. El programa de copias de seguridad de base de datos mysqlhotcopy
Ahora te toca:
15.8. Hacer una copia de seguridad y recuperar una base de datos InnoDB
o Bien:
http://blog.jesusanchez.net/recuperarMysql