Quizás la mejor solución no sea reezamplarlas todas juntas por lotes, si no a medida que van llegando al servidor incluso si no quieres quedarte con las originales realizas el cambio de tamaño directamente desde la imagen almacenada en el temporal del servidor.
Con PHP ya se puede realizar esto existen bastantes librerías (Te recomiendo que busques alguna en internet) yo, me había creado una que incluso mantiene transparencias en PNG y GIF y la uso en algún que otro proyecto (La realice mas para aprender pero funciona).
Cambiar tamaño a las imagenes
Saludos