mm... que raro a mi me funciona correctamente ese código, y no debería afectar si tu consulta esta en php, porque me imagino que lo haces algo asi:
Código PHP:
Ver original$sql="SELECT * FROM productos WHERE productos.cod_producto NOT IN (SELECT cod_producto FROM archivos)";
bueno y el error se debe a que hay un error de sintaxis cerca de
'SELECT cod_producto from archivos)', pero yo no veo ninguno.