Hola Samie, veo que también tienes las mismas dudas que yo. Si no entedí mal, lo que tú quieres hacer es poder tener todo esto bien estructurado, cosa que me sucedió también a mí al principio; si es así, te paso unos enlaces muy buenos e interesantes para que puedas aplicar muy bien los conceptos del MVC bajo PHP:
1. Introducción a MVC con PHP - primera parte:
http://www.jourmoly.com.ar/introducc...primera-parte/
2. Introducción a MVC con PHP - segunda parte:
http://www.jourmoly.com.ar/introducc...segunda-parte/
Te digo que personalmente estos enlaces me sirvieron mucho para poder emplearlo en un sitio en producción bastante grande al que sin problemas pude manejarlo, cosa que era muy engorroso antes debido toda la cantidad de archivos repartidos. En estos enlaces vas a poder encontrar (como ya te he dicho) conceptos, documentación, recomendación y sobre todo, código fuente bien explicado para que puedas ir adentrándote más en este mundillo.
Desde que utilizo MVC, todo me va de mil maravillas (tal vez suene a publicidad barata, pero es cierto
)
Bueno Samie, espero te sirva la buena documentación que te he proporcionado.
Saludos!