Buenas,
Se ha tocado mucho este tema. No se puede evitar, aunque creo recordar que sólo sucede en explorer inferior a 5.5 o 6, no recuerdo.
Netscape (últimas versiones al menos) lo muestra bien y explorer a partir de la 5.5 o la 6 (nomacuerdo
) también. Si dices que tienes la 6 y te muestra el select por encima de la capa dale al select un z-index inferior al de tu capa. Si tu capa tiene el 1, al select dale el 0
<select style="z-index:0">
Para los navegadores que muestran el select por encima de la capa no hay nada que hacer, salvo, como comenta KarlanKas (yujuuu) que ocultes el select.
...y... pregunta de CSS, movido para ese sub-foro
Saludos