amigo, el noscript tiene esa funcion, avisar a el usuario que tiene descativado el js y que debe activarlo, ahora si quieres un mensajito lindo, pues usa popups con css
si no tiene js activado sera casi imposible hacer un mensaje de alerta (a exepcion de lo que te dije)
por otro lado, es el siglo XXI, 2010, un año muy revolucionario en tecnologia, no creo que haya usuarios que deshabiliten el js con la existencia de facebook, hotmail, twitter, google, etc.