haz actualizado la versión de algún servicio web? Revisaste los registros? no dicen algo?
 
Ah ya se, si actualizaste algo, pueda ser que hiciste luego un etc-update y sobrescribiste la configuración. 
Deberías revisar si esta es la conifuguracion que tienes, ya que de lo contrario eso te niega el permiso.:  
Código:
 NameVirtualHost ip:443
<VirtualHost ip:443>
  ServerName nombrededominio.com
  ServerAdmin [email protected]
  DocumentRoot "/var/www/localhost/htdocs/phpmyadmin";
  <Directory "/var/www/localhost/htdocs/phpmyadmin">
    ...
  </Directory>
  O tal vez un 
chmod o-rw config.inc.php (a la configuracion de phpmyadmin) te podría resolver el problema.